O Ministério da Saúde aprovou o Regimento Interno do órgão pela Portaria GM/MS nº 12.169, assinada em 1º de outubro de 2026 e publicada no Diário Oficial da União em 5 de novembro de 2026. O ato é do Ministro de Estado da Saúde e se baseia no parágrafo único do art. 87 da Constituição e no art. 7º do Decreto nº 11.098, de 28 de novembro de 2023. O regimento está dividido em 22 títulos.
O texto lista as áreas de competência do ministério, entre elas política nacional de saúde, coordenação e fiscalização do SUS, saúde ambiental, informações de saúde, insumos críticos, vigilância e controle sanitário de fronteiras, portos e aeroportos, pesquisa científica e tecnológica e fortalecimento do complexo industrial e econômico da saúde.
Na estrutura, os órgãos de assistência direta ao ministro incluem o Gabinete, a Ouvidoria-Geral do SUS, a Corregedoria, a Consultoria Jurídica, o Departamento Nacional de Auditoria do SUS e a Secretaria-Executiva. Os órgãos específicos singulares são sete secretarias: Atenção Primária à Saúde; Atenção Especializada à Saúde; Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde; Vigilância em Saúde e Ambiente; Saúde Indígena; Gestão do Trabalho e da Educação na Saúde; e Informação e Saúde Digital.
O regimento também relaciona unidades descentralizadas (superintendências, institutos nacionais, Instituto Evandro Chagas e Distritos Sanitários Especiais Indígenas) e órgãos colegiados, como o Conselho Nacional de Saúde. Entre as entidades vinculadas estão as autarquias Anvisa e ANS, as fundações Fiocruz e Funasa e as empresas públicas Hemobrás e Grupo Hospitalar Conceição.
Nas disposições comuns, o texto define as competências do ministro, do secretário-executivo e dos secretários, além das atribuições de cargos de direção, assessoramento e direção de projetos. Na área de compras, classifica as contratações em insumos estratégicos em saúde e contratações administrativas. Também atribui aos ordenadores de despesa das unidades de licitações e contratos a designação de fiscais, a homologação de licitações, a assinatura de contratos e a aplicação de penalidades.